高氨氮废水的危害主要包括以下几个方面：
一方面，废水中的氨氮是水富营养化和环境污染的重要物质，容易导致藻类和其他微生物在水中大量繁殖。自来水处理厂运行困难，导致饮用水异味。在严重的情况下，水中的溶解氧会减少，大量的鱼会死亡，甚至导致湖泊干涸和灭绝。
另一方面，氨氮也会增加给水消毒和工业循环水消毒过程中的氯消耗；腐蚀某些金属（铜）；再生水中的氨氮可促进输水管道和水设备中微生物的繁殖，形成生物，堵塞管道和水设备，影响热交换效率。
其次，在硝化细菌的作用下，氨被氧化为亚硝酸盐和硝酸盐。硝酸盐通过饮用水诱发婴儿高铁血红蛋白，而亚硝酸盐水解产生的亚硝胺具有很强的致癌性，直接威胁人类健康。
